പപ്പായ തികച്ചും ഒരു ആരോഗ്യഭക്ഷണമാണ്. വിറ്റമിൻ എ, സി, പൊട്ടാസ്യം, നാരുകൾ തുടങ്ങിയവയാൽ സമ്പന്നം. എന്നാൽ മറ്റ് ചില ഭക്ഷണങ്ങളോടൊപ്പം പപ്പായ കഴിക്കുന്നത് ഗുണത്തെക്കാളേറെ ദോഷം ചെയ്യും. ചില ഭക്ഷണങ്ങളുടെ, പ്രത്യേകിച്ച് പ്രോട്ടീന്റെ ദഹനത്തെ തടസ്സപ്പെടുത്തുന്ന ചില എൻസൈമുകൾ പപ്പായയിൽ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ട് എന്നതാണ് ഇതിനു കാരണം.
ഉദാഹരണമായി പപ്പായയിൽ അടങ്ങിയ പെപ്പെയ്ൻ എന്ന എൻസൈം, ഇറച്ചിയുടെയും പാലുൽപന്നങ്ങളുടെയും ദഹനം തടസ്സപ്പെടുത്തും. വയറു കമ്പിക്കൽ, വായുകോപം മറ്റ് ദഹനപ്രശ്നങ്ങൾ തുടങ്ങിയവയ്ക്ക് ഇത് കാരണമാകും. ഇതുപോലെ സ്റ്റാർച്ച്, കൂടുതലടങ്ങിയ പഴങ്ങളുടെയും പച്ചക്കറികളുെടയും ഒപ്പം പപ്പായ കഴിക്കുമ്പോഴും ദഹനപ്രശ്നങ്ങളുണ്ടാകാം. പപ്പായയിൽ അടങ്ങിയ അമിലേസ് എന്ന എൻസൈം ആണ് അന്നജത്തിന്റെ ദഹനം തടസ്സപ്പെടുത്തുന്നത്.