പിന്നീട് എൻ ശങ്കരയ്യ സ്വാതന്ത്ര്യ സമരപോരാട്ടങ്ങളുടെ ഭാഗമായി. കമ്യൂണിസ്റ്റ് പാർട്ടിയുടെ പ്രവർത്തകനായി മാറിയ ശങ്കരയ്യയുടേത് ത്യാഗോജ്ജ്വലമായ സമരജീവിതമായിരുന്നു. സമര പോരാട്ടങ്ങളിൽ പങ്കെടുത്തതിന് ബ്രിട്ടീഷ് സൈന്യം അദ്ദേഹത്തെ ജയിലിലടച്ചു. 8 വർഷത്തിന് ശേഷം സ്വാതന്ത്ര്യ തലേന്നാണ് ശങ്കരയ്യ ജയിൽ മോചിതനായത്. 1962ൽ ഇന്ത്യാ-ചൈന യുദ്ധകാലത്തും ശങ്കരയ്യ ജയിലിൽ അടയ്ക്കപ്പെട്ടിരുന്നു.
തമിഴ്നാട്ടിൽ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പ്രസ്ഥാനങ്ങളുടെ അടിത്തറ പാകിയ നിരവധിയായ കർഷക പോരാട്ടങ്ങൾക്ക് നേതൃത്വം നൽകിയ നേതാവാണ് ശങ്കരയ്യ. സിപിഐഎം കേന്ദ്രകമ്മിറ്റിയംഗം, അഖിലേന്ത്യാ കിസാൻ സഭയുടെ ജനറൽ സെക്രട്ടറി, പ്രസിഡൻ്റ്, സിപിഐഎം തമിഴ്നാട് സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി, എന്നീ നിലകളിൽ പ്രവർത്തിച്ചു. 1967 മധുര വെസ്റ്റ് മണ്ഡലത്തിൽ നിന്നും 1977, 1980 വർഷങ്ങളിൽ മധുര ഈസ്റ്റ് മണ്ഡലത്തിൽ നിന്നും തമിഴ്നാട് നിയമസഭയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. പ്രായാധിക്യത്തെത്തുടർന്ന് കുറച്ചുവർഷങ്ങളായി സജീവരാഷ്ട്രീയത്തിൽനിന്ന് വിട്ടുനിൽക്കുകയായിരുന്നു.