ശ്രേഷ്ഠന്മാരായ ഋഷിവര്യന്മാര് തപസ്സനുഷ്ഠിച്ച മഹായാഗ ഭൂമിയില് ദേവഗുരുവായ ബൃഹസ്പതിയും വായു ഭഗവാനുംകൂടി ദേവബിംബ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയതിനാല് ഗുരുവായൂര് ഭൂലോക വൈകുണ്ഠമെന്ന മഹാഖ്യാതി കരസ്ഥമാക്കി.
അത്യപൂര്വ്വമായ പതഞ്ജല ശിലയെന്ന അഞ്ജനക്കല്ലുകൊണ്ട് നിര്മ്മിച്ച ഗുരുപവന പുരിയിലെ ദേവബിംബം ശ്രീ മഹാവിഷ്ണു വൈകുണ്ഠത്തില് പൂജിച്ചിരുന്നതാണെന്നാണ് മറ്റൊരു പ്രത്യേകത. പിന്നീട് ഈ അഞ്ജനവിഗ്രഹം ബ്രഹ്മാവിന് നല്കി അദ്ദേഹമത് സുതപസ്സിനും പിന്നീട് കശ്യപ പ്രജാപതിക്കും കൈമാറി.
ദ്വാപരയുഗാന്ത്യത്തില് കശ്യപ പ്രജാപതി ആ അഞ്ജന വിഗ്രഹം തന്റെ അംശമൂര്ത്തിയും ശ്രീകൃഷ്ണന്റെ പിതാവുമായ വാസുദേവര്ക്ക് സമ്മാനിച്ചു. അങ്ങനെ ശ്രീകൃഷ്ണന് ആ വിഗ്രഹം ദ്വാരകയില് പൂജിയ്ക്കുവാന് മഹാഭാഗ്യം ലഭിച്ചു. ദ്വാരക ജലാശയത്തില് മുങ്ങിപ്പോകുമെന്നും അപ്പോള് ആ ദേവവിഗ്രഹം ഉചിതമായ സ്ഥലത്ത് പ്രതിഷ്ഠിച്ച് പൂജിയ്ക്കണമെന്ന് ശ്രീകൃഷ്ണന് ആത്മമിത്രമായ ഉദ്ധവരെ അറിയിച്ചു.
പ്രളയസമയമടുത്തപ്പോള് ഉദ്ധവന് ദേവബിംബം ദേവഗുരുവായ ബൃഹസ്പതിയെ ഏല്പിച്ചു. ശ്രീ പരശുരാമന്റെ സഹായത്തോടെ ബൃഹസ്പതിയും വായുദേവനും കൂടി പ്രതിഷ്ഠയ്ക്കു കണ്ടെത്തിയ ഭൂപ്രദേശമാണ് ഗുരുവായൂരെന്നാണ് ഐതിഹ്യം.
കൈലാസനാഥനായ ശ്രീപരമേശ്വരന് തപസ്സനുഷ്ഠിച്ചിരുന്ന മഹാപുണ്യഭൂമികൂടിയാണ് ഗുരുപവനപുരി. ഉദയസൂര്യകിരണങ്ങള് ഭഗവദ്പാദത്തെ സ്പര്ശിക്കുന്ന രീതിയില് ദേവശില്പിയായ വിശ്വകര്മ്മാവാണ് ക്ഷേത്രം നിര്മ്മിച്ചത്. പൂജാവിധികള് ക്രമമായി ചിട്ടപ്പെടുത്തിയത് അദ്വൈതാചാര്യന് ശ്രീശങ്കരാചാര്യ സ്വാമികളാണ്.